Площадь района — 1291 км². Основные реки — Ипуть, Унеча, Туросна.
Клинцовский район граничит со следующими муниципальными районами Брянской области:
Суражским районом на северо-востоке,
Унечским районом на востоке,
Стародубским районом на юго-востоке,
Климовским районом на юге,
Новозыбковским районом на юго-западе,
Гордеевским районом на северо-западе.